Bosque mixto, bosque de pinos, bosque de abies y bosque de quercus.
En el bosque mixto podemos encontrar árboles de hojas perennes. Se desarrolla en climas templados con veranos cálidos e inviernos fríos. La flora característica de los bosques en Villa de Allende son, los árboles de hojas caducas; encino, roble, ahile y madroño, entre los de hojas perennes están: cedro, pino, oyamel; además se encuentran arbustos, helechos, musgos y hongos. Éste tipo de bosques es el predominante en el municipio. Las mezclas más frecuentes son: pino – encino, pino – oyamel.
En el bosque de pinus (pino), se mantiene verde casi todo el año debido al clima frío y las lluvias del verano, aunque en las partes de nuestro municipio en que existe por lo regular no se producen nevadas.
Las características de las especies arbóreas son: forma de cono, follaje verde permanente, alcanzan tallas de cuarenta metros, corteza bastante gruesa, resinosa, hojas de forma acircular (como hilaos o agujas), resistentes a las bajas temperaturas.
Bosque de abies (oyamel), predominan los abies religiosa formando grandes masas apretadas de árboles con tallas cercanas los cuarenta metros. Como están próximos al bosque de pino existen asociaciones y comparten arbustos y herbáceas. Lo encontramos en la franja colindante con el estado de Michoacán.
Bosque de quercus (encino), tiene ejemplares de hojas anchas y su fruto es la bellota, pueden medir de uno a quince metros. Existe una gran variedad de especies (alrededor de doscientas). Se desarrollan desde alturas a nivel del mar hasta los 3100 metros sobre el nivel del mar, aunque las más propicias son las de 1200 a 2800.
Un gran problema del siglo XIX y en el primer tercio del XX, consorcios como la empresa The Suchi – Timber Company, y otra llamada Forestal México, arrasaron gran parte de nuestros especímenes maderables, que fueron exportados (cedro blanco) o utilizados los de segunda, en las minas de El Oro.
Otra fuente de destrucción es el uso de los árboles para leña, carbón, tablas, vigas, morillos, cintas, polines, tejamaniles y la apertura de nuevas tierras para el cultivo, tierras que se ganan al bosque.